À semelhança do que tem sucedido no rio Tejo, e através dele, alguns peixes que povoam as águas do Almonda na Reserva Natural do Paul do Boquilobo encontram-se sob ameaça pelo crescimento exponencial de espécies exóticas invasoras, nomeadamente o peixe-gato e o lagostim de água doce. Mas também há registo de introdução de aves exóticas no território, como o tecelão, e até o número de cegonhas aumentou mais do que seria suposto, aqui provavelmente devido ao aquecimento global.
